Muzeum Vysočiny Jihlava vede odbornou knihovnu, jejíž počátky spadají do doby formování jihlavského městského muzea. Původně vznikala nahodilým shromažďováním takřka všech darovaných knih, v podstatě bez odborného zaměření. Teprve s postupnou profesionalizací muzea dochází cca od roku 1953 k systematickému budování knihovny na odborné bázi.

Muzejní knihovna evidovala ke konci roku 2016 37 204 svazků. Jejím základem je 1893 svazků tzv. Iglavensií, většinou v němčině vydané literatuře s vazbou na Jihlavu a Jihlavsko. Po 2. světové válce byla knihovna doplněna a rozšířena o fondy likvidovaných gymnaziálních a pedagogických knihoven, o staré tisky, postupně také o fondy odborných publikací uměnovědných, historických, přírodovědných, různých encyklopedií, slovníků, periodik, sborníků aj.

Knihovna Muzea Vysočiny Jihlava je knihovnou prezenční. Poskytuje knihovnické služby v rozsahu stanoveném jejím statutem odborné i laické veřejnosti.